单中心MDS基因突变图谱报道
2019.09.18

安诺优达携手中国中医科学院西苑医院胡晓梅主任团队,共同探索了骨髓增生异常综合征(MDS)患者中的基因突变与临床病理特征之间的关联性,为MDS患者的临床诊疗提供新思路的同时,丰富并补充中国MDS患者基因突变数据库。该研究成果在线发表于肿瘤领域专业杂志Oncology Letters  


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研究背景

骨髓增生异常综合征(MDS)是一组起源于造血干/祖细胞的获得性克隆性疾病,其特征是骨髓造血功能低下、长期进行性难治性血细胞减少和急性白血病转化的高风险。随着测序技术的不断发展,基因水平研究MDS的发病机制逐渐被报道。相关文献显示,70%-80%的MDS患者中至少含有1个体细胞基因突变,提示相关的基因异常与MDS的发病有关。基于二代测序(NGS)的基因突变检测,有助于MDS患者的诊断分型、预后判定、指导治疗、微小残留病监测和克隆演变。

研究内容


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本研究采用安诺优达血液病127-gene panel对47例入组MDS初诊患者骨髓/外周血样本进行基因突变检测,研究发现人群突变频率为66.0%(31/47)。人群突变频率≥5%的突变基因,分别为U2AF1(23.4%),SF3B1(12.8%),ASXL1(10.6%),TP53(8.5%),BCOR(8.5%),TET2(8.5%)和DNMT3A(6.8%)。


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基于突变基因功能组分类的统计结果,可以发现40.4%患者携带RNA剪切相关突变,23.4%患者携带DNA甲基化相关突变,23.4%患者携带染色质重塑相关突变,10.6%患者携带信号通路相关突变,8.5%患者携带肿瘤抑癌基因突变,6.4%患者携带转录因子相关突变,4.3%患者携带黏连蛋白复合体相关突变。部分基因之间存在共存现象,如EZH2-ASXL1NPM1-NRASRUNX1-PHF6等(P均<0.05)。


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从基因突变与临床病理特征的分组分析结果,可以发现部分突变基因在临床病理学分组中的分布情况存在统计学差异。基于突变基因与MDS分型的分析结果,可以发现JAK2突变频率在MDS-U亚型中显著高于非MDS-U亚型(P=0.04);基于突变基因与MDS细胞遗传学风险的分析结果,可以发现SH2B3突变频率在极高危风险组中显著高于非极高危风险组(P=0.02),U2AF1突变频率在中危风险组中倾向高于非中危风险组(P=0.07);基于突变基因与IPSS-R预后评分的分析结果,可以发现SETBP1EZH2突变频率在IPSS-R预后高危组中均高于非IPSS-R预后高危组(P均=0.04)。

小结

本研究基于二代测序分析结果,发现47例MDS患者中有66.0%的患者被证实携带血液肿瘤相关基因突变,本研究中基因突变的结果将补充中国MDS患者的突变数据库。当然,由于样本量小,本研究中有关MDS患者的基因突变与临床病理特征之间关联结果,需要进一步更大队列的分析结果来证实。


安诺优达血液病检测

1、背景介绍

目前,临床上对恶性血液病的诊断采用MICM分型。随着现代分子生物学技术的发展,尤其是基因序列检测技术的逐步成熟,对血液病患者的检查逐步深入到分子层面。血液病治疗遵从预后分层的原则,即把患者分为高危、中危和低危三类,其中中危患者的治疗异质性很大,属于现有临床分类方法中分类不明确的患者群体,急需更精确的预后分层方法。NCCN指南和WHO指南已率先引入基因突变对现有恶性血液肿瘤危险度预后分层系统做更细的分类。使用多基因联合检测的方法,通过体细胞突变对患者预后做出判断,进而做出治疗选择。多基因联合检测的方法是对现有血液病预后分层体系的有益补充,在不远的未来,随着对体细胞突变致癌机理的深入理解,体细胞突变有望成为独立的预后指标,为临床医生提供一个全新的血液病治疗评价工具。 


2、检测意义

1)急性髓细胞白血病预后分层;

2)骨髓增生异常综合征预后分层;

3)骨髓增殖性肿瘤辅助诊断及预后评估;

4)靶向药物相关及耐药位点检测;

5)复发难治患者病因探查;

6)疑似血液肿瘤但尚未明确疾病类型的疾病辅助诊断;

7)监控亚克隆低频突变,预防复发或疾病亚型转变;

8)化疗获益检测。


3、检测内容

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4、样本要求

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5、适用人群

1)初诊为各类型白血病的患者;

2)初诊为骨髓增生异常综合征(MDS)的患者;

3)初诊为骨髓增殖性肿瘤(MPN)的患者;

4)初诊为骨髓增生异常/骨髓增殖性肿瘤(MDS/MPN)的患者;

5)疑似血液肿瘤但尚未明确疾病类型的患者;

6)复发难治的患者。


6、检测优势

1)高覆盖度,同时覆盖多个目标基因及所有临床热点,实现一站式检测;

2)高灵敏度,发现频率低至5%的突变;

3)精确定量,可识别至1%的差异;

4)高分辨率,可检测至单碱基变化;

5)高延展性,便于开展多位点、多基因的联合分析;

6)专业的数据库,实现本地化检索;

7)可实现对FLT3-ITD、MLL-PTD等特殊变异类型的精准分析。

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